הרפורמה במיסוי מקרקעין (תיקון מס' 50 לחוק מיסוי מקרקעין) (להלן: "חוק") הוסיפה כהוראת שעה את סעיף 48א1(א) המעניק זיכוי ממס שבח בשיעור 20% בתקופה שמיום 7.11.01 ועד 31.12.02 ובשיעור 10% בתקופה שמיום 1.1.03 ועד 31.12.03 הזיכוי הוגבל בסעיף 48א1(ג) שנוסחו הוא:

"האמור בסעיפים קטנים (א) ו- (ב) לא יחול על מכירת זכות במקרקעין שנעשתה בלא תמורה או בין קרובים או שחל לגביה פטור ממס, כולו או חלקו, או שיעור מס מופחת ....".

השאלה שהעסיקה את מומחי המס הייתה, מה דינה של הפקעה שהפיצוי תמורתה שולם באחת משתי תקופות אלו. סעיף 48 ג קובע" "במכירת זכות במקרקעין שהיא הפקעה ... יינתן למוכר זיכוי מן המס שהוא חויב בו ...", האם הזיכוי ממס, שאינו פטור או שיעור מופחת מונע קבלת זיכוי ממס לפי סעיף 48א1(א).

עמדת רשויות המס היא שבהפקעה לא ניתן לקבל את הזיכוי, הם אף יזמו תיקון לחוק, שיוסיף בסעיף 48א1(ג) זיכוי ממס לפי סעיף 48ג, כמונע קבלת הזיכוי לפי סעיף 48א1 (א). (תזכיר הצעת חוק מיום 9.11.03). עניין זה עלה לאחרונה בועדת ערר, אשר קיבלה את עמדת רשויות המס.

בעניין זקס ברוריה ואח' נ' מנהל מס שבח (ו"ע (חי) 4004/03, מיום 19.2.04), הופקע בנין מסחרי ברח' יפו 144 חיפה מידי העוררות. העוררות קיבלו פיצוי בסך 1,100,000$ +מע"מ בתאריך 9.4.02, מועד הנחשב כיום המכירה לפי סעיף 19(2) לחוק. העוררות סברו כי מעבר לזיכוי בשיעור של 50% המגיע להן מכח סעיף 48ג הן זכאיות לזיכוי לפי סעיף 48א1(א) בשיעור 20% ובסך הכל זיכוי בשיעור של 60% מהמס. סוגיה נוספת שהעלתה הייתה עדכון הסכומים הקבועים כזיכוי ממס בסעיף 48 ג לחוק אשר לא עודכנו ונשחקו עם השנים.

מנהל מיסוי מקרקעין התנגד למתן הזיכוי, וטען כי הזיכוי בגין הפקעה, הנו בפועל שיעור מס מופחת, שאינו מזכה במתן הזיכוי נוסף בהתאם להוראת השעה. כמו-כן, הרציונל שעמד מאחרי מתן הזיכוי היה לעודד עסקאות בתקופה הקובעת, עידוד זה נדרש במכירה מרצון בלבד ולא במכירה כפויה.

ועדת הערר קיבלה את עמדת מנהל מיסוי מקרקעין, וקבעה שלא ניתן זיכוי ממס בהתאם להוראת השעה במקרה שניתן זיכוי ממס בגין הפקעה, הן מבחינת פרשנות המונח שיעור מס מופחת והן מבחינת הרציונל שעמד מאחרי הוראת השעה.

בסוגיה הנוספת שהועלתה ועדת הערר סברה כי בהעדר מנגנון שיערוך בחוק ועדת הערר אינה מוסמכת לשערך את הסכומים הקבועים בסעיף 48ג לחוק.