מי שברשותו קרקע מינהל ומגיש בקשה להיתר בניה – אינו כבול באישור המינהל, כל עוד הוא בעל זכויות בקרקע (חכירה, בר רשות, חוזה תלת שנתי) והבקשה תואמת מצב תכנוני קיים. המינהל יוכל להתנגד במישור התכנוני בלבד וגם אז יזומן בפני הועדה להביע עמדתו.
קיבוץ עין השופט הגיש ערר, לועדת הערר המחוזית (230,231,232/05), כנגד החלטת הועדה המקומית לתכנון ובניה ומינהל מקרקעי ישראל, שלא לדון בבקשתו לקבלת היתר בניה למפעל שהקים בקיבוץ, בשל העדר אישור המינהל אשר התנגד לחתום על הבקשה בטענה שהסכם החכירה של הקיבוץ לא חודש.
הקיבוץ החזיק בקרקע מכוח חוזה חכירה לתקופה שהסתיימה ב- 1990. חוזה החכירה לא חודש, שכן המינהל מצידו הסכים לחדש את חוזה החכירה בכפוף לכך שהקיבוץ יוותר על זכויות החכירה הרשומות על שמו, מכוח החוזה הקודם.
ועדת הערר קבעה כי התנגדותו של המינהל נובעת ממחלוקות קנייניות וחוזיות, כאשר הסמכות לדון בסוגיות אלו, העוסקות ביחסים שבין המינהל למחזיקים בקרקעות אותן הוא מנהל, היא של בית משפט ואין זה בסמכותה של הועדה המקומית לתכנון ולבנייה.
התנגדותו של המינהל לבקשת ההיתר, כמו של כל בעל מקרקעין אחר, צריכה להיות מנימוקים תכנוניים (והוא יוזמן להביע את עמדתו אשר לא תתקבל בוודאות) ואם הוא מסרב לחתום על הבקשה מנימוקים שאינם תכנוניים, על הועדה המקומית לדון בבקשה גם ללא אישורו.
על פי ועדת הערר במקרה של בקשת היתר התואם לתוכנית, כמו במקרה נשוא הדיון, היקף זכות ההתנגדות לבעל מקרקעין הינה מוגבלת ביותר. הוא אמנם בעל זכות להתנגד, אולם אין הוא יכול במידה והתנגדותו נדחית, לפנות לוועדת הערר על דחיית התנגדותו זו. זאת מכיוון שדיני התכנון והבנייה נותנים משקל רב לבקשות התואמות תכניות מתאר קיימות, ומניעת בקשות כאלו נעשית במשורה.
לדעת ועדת הערר הפרשנות הלשונית הנכונה, של תקנות התכנון והבניה הרלוונטיות, מחייבת את המסקנה כי המדובר בהבהרה טכנית ממי יש לקבל את האישור (כל עוד הבקשה תואמת תכנית מתאר קיימת) ולעניין זה אין הבדל בין המינהל לבין בעלים אחרים. במצב שבו קיימים מקרקעי ישראל, נדרשת חתימת המינהל כי הוא אינו מתנגד לבנייה, ובהעדר חתימה שכזו, יש לבצע את ההליכים הקבועים בתקנות – להזמינו, לשמוע את התנגדותו, ולהכריע בה.
במצב שבו אין מחלוקת על כך כי למבקש ההיתר קיימות זכויות בנכס, הרי שאז נמצא המינהל במצב זהה לכל בעל מקרקעין, ועל הוועדה המקומית לפעול בהתאם לקבוע בתקנות ולא לדרוש את חתימת המינהל כתנאי לדיון בהיתר.
מאחר ובמקרה הנדון התנגדותו של המינהל היתה מנימוקים חוזיים קנייניים ולא מנימוקים תכנוניים הרי שעל הועדה המקומית לדון בהיתר גם ללא אישור המינהל.