להלן עמדת נציבות מס הכנסה ביחס לשינויים כפי שהוצגה על ידי רו"ח פרידה ישראלי, סגנית נציבת מס הכסה לפני "הועדה הציבורית לענין הקיבוצים":

"פקודת מס הכנסה קובעת שיטת מס ייחודית לגבי קיבוץ. עפ"י שיטה זו רואים את הכנסות הקיבוץ כאילו חולקו באופן שווה בין כלל החברים בין שהם משתתפים בייצור ההכנסה ובין שאינם משתתפים. שיטה זו ראויה ליישום בקיבוץ השיתופי לאור קיומם הבולט של יסודות השוויון בתמורה ובעלות הכלל בקניין. הקיבוץ המתחדש לעומתו נבדל מהקיבוץ השיתופי בחריגתו מן העקרונות הבסיסיים האמורים.

לפיכך, על קיבוץ שיתופי המשנה את אופיו והופך לקיבוץ מתחדש לא ניתן להחיל את כללי הפקודה המתייחסים לקיבוץ השיתופי (סעיפים 54 – 58א לפקודה). על קיבוצים אלה יחול חיוב במס בשני מסלולים מקבילים: חיוב החבר במס על הכנסות שהפיק בעצמו, ובנוסף – חיוב רווחים שהפיקה האגודה השיתופית, בדרך כלשהי. הוועדה (הפנימית) לבחינת שיטת מיסוי הקיבוצים, בראשותי, בחנה בשעתו את שיטת המיסוי הראויה לקיבוצים המשתנים, והמליצה על כללים חדשים לפיהם ימוסה הקיבוץ המתחדש, אותם הוצע לעגן בחקיקה הראשית. המלצות הוועדה הציבורית לעניין הקיבוצים אינן משקפות את עמדתנו כי ראוי לגבש בחקיקה הסדר כולל למיסוי הקיבוץ המתחדש ולמיסוי חבריו, ואשר ייתן ביטוי לפערים בחלוקת ההכנסות מחד ול"רשת הביטחון" שמטרתה להבטיח את קיומם של המבוגרים והחלשים, מאידך.

תהליך השינוי בקיבוצים אינו אחיד ואף אינו מובנה. למעשה, ניתן למצוא יישובים אשר אך החלו ביישום התהליך ועצרו (למשל – הנהגת שכר דיפרנציאלי בלבד), ישנם כאלה שהמשיכו מעט יותר (למשל שיוך דירות לחברים), וישנם כאלה אשר הרחיקו לכת ואף שייכו את אמצעי הייצור של הקיבוץ לחברים, בין שאלה הואגדו בתאגידים שונים ובין ששוייכו לחברים כפי שהם.

עפ"י פקודת מס הכנסה יציאת נכס מרשותו של אדם נחשבת כעסקת מכירה, בגינה יש לחשב רווח או הפסד הון. כך למשל כאשר מעבירים לבעלות החבר חלק מאמצעי הייצור שהיו בבעלות הקיבוץ נוצר אירוע מס. חלק ה2 לפקודה (הידוע גם כ"חוק המיזוגים והפיצולים") ותקנות ההסדרים במשק המדינה (תיקוני חקיקה)(הקלות מס בקשר להסדרי הסיוע לחקלאים), התשנ"א – 1990 (הידועות גם כ"הסדר חובות הקיבוצים"), נותנים במקרים מסוימים מענה לבעיה בדרך של דחיית אירוע המס או פטור ממס.

כניסת קיבוץ למהלך של שינוי מבלי להבהיר לעצמו את השלכות המס המתעוררות כתוצאה מהמהלך תגביר את אי הוודאות עבור החברים ולכן אינה רצויה. מבלי לדעת מראש את מתווה השינוי אותו מבקש קיבוץ לאמץ לא ניתן לדעת מהן השלכות המס הנובעות מהתהליך.

גם לשינויים הקשורים במקרקעי הקיבוץ ישנם היבטי מס וזאת לפי חוק מיסוי מקרקעין. הקיבוץ, המחזיק בחוזי חכירה מול מינהל מקרקעי ישראל, הינו בעל זכות במקרקעין. העברת זכויות מהקיבוץ לחבר מהווה עסקה במקרקעין אשר עשויה להתחייב במס שבח בידי המעביר ובמס רכישה בידי החבר המקבל. גם מהלך של תגבור זכויות בקרקע מהווה רכישה של זכות במקרקעין הגוררת השלכות מס כאמור. מעבר לכך, גם פעולות של איחוד וחלוקה מחדש של מקרקעין ופעולות של חלוקת מקרקעין המשמשים למטרה חקלאית ע"י אגודה שיתופית לחברים באגודה, מהווים אירועי מס שיש לתת לגביהם את הדעת בטרם יתבצעו. כל אירועי המס מעלים גם סוגיות של קביעת שווי המקרקעין המועברים ומועד הרכישה.

נקודה נוספת הדורשת התייחסות הינה הגדרת מעמדן של הלוואות דיור ושיכון שנטל הקיבוץ בעבר למימון הקמת דירות החברים, ואשר הוא מבקש להעבירן לבעלות החברים. מעבר לשאלה החשבונאית בדבר דרך הצגת פעולת שיוך הדירות לחברים (מהלך שעשוי להוות הפחתה בהון האגודה) עשויה להיות השפעה למהלך על שווי הנכס המועבר לבעלות החבר.

הערה אחרונה מתייחסת לאפשרות שתיקבע הוראה אופרטיבית בחקיקה או בחקיקת המשנה לפיה סיווג אגודה שיתופית כ"קיבוץ שיתופי" או כ"קיבוץ מתחדש" יחייב התייחסות זהה לשני הישובים גם יחד כאל סוג אחד של יישות – קיבוץ. קביעה מסוג זה אינה משקפת את עמדת נציבות מס הכנסה לגבי מעמדו של כל אחד מן היישובים האמורים בדיני המס. למרות ששני הגופים ייחשבו ל"קיבוץ" יחולו לגביהם הוראות מס שונות".

בעמדת נציבות מס הכנסה שהובאה לעיל חסרה התייחסות להסכמות קיימות לפיהן במרבית המקרים לא תיווצר חבות במס במהלך תהליכי השינוי .