להלן מספר תיקונים במערך הניכויים של מס הכנסה כפי שאושרו על ידי הכנסת בתאריך 30.12.1999 במסגרת חוק ההסדרים:
1. קביעת תקרה להפרשות מעביד בקופה לקצבה
א. על פי סעיף 3 (ה3) לפקודת מס הכנסה יש לזקוף בעת תשלום המשכורת להכנסות העובד שווי עבור הפרשת המעביד לקצבה במידה וההפרשה עולה על 5% או ארבע פעמים השכר הממוצע במשק לפי הנמוך שבין ההפרשות. תקרת השכר הממוצע מינואר 2000 מסתכמת ב – 25,388 ₪.
תחולת ההוראה על ההפרשות מתאריך 1.1.2000 ללא קשר למועד פתיחת התוכנית.
התקרה מהווה סכום כולל לעובד אצל מספר מעסיקים, או להפקדות שפוצלו למספר קופות גמל.
לא הוגבלה תקרת ההפרשה של המעביד לפיצויים ואין כל שינוי בתקרת ההכנסה המזכה לצורך ההפרשות לקופ"ג לתגמולים.
ב. בטופסי 101 החדשים וטופסי 106 לרבות אלו המתייחסים לשנת 1999 בהם יושמו הנחיות הנציבות, על פיהן חלה על המעביד חובת ניכוי מס בגובה 50% מהפרשות לקופת גמל לתגמולים ולקצבה והן לקרן השתלמות, במידה ולעובד הכנסות אחרות מהן מפרישים לו לקרן השתלמות ו/או לקופת גמל לתגמולים או לקצבה, ולכן יש להקפיד עם העובדים
במילוי טופס 101 ובצורך בתאום מס לעובד אצל מספר מעסיקים.
לאור האמור על המעביד לדווח בתלוש השכר של העובד החל משכר ינואר 2000, על הסכומים ושיעורי ההפרשה לקופות הגמל לסוגיהן ולקרן השתלמות ולסכום בגינו חויב העובד במס.
ג. בעקבות החיוב במס על הפרשות לקצבה מעל לתקרה כאמור בסעיף א' לעיל הוגבל בסעיף 9א' לפקודה הפטור בגין סכומים שמקורם בתשלומים אשר מוסו לעיל, בנוסף לפטור בשיעור 35% מ"הקצבה המזכה" המשולמת על ידי קופות גמל חדשות או קופות ביטוח (לא יינתן פטור נוסף למקבל קצבה מקופת גמל לקצבה ותיקה שהוקמה לפני 1.1.1995 )
אי לכך על המעבידים לדווח לקופת הגמל מדי חודש מהם סכומי ההכנסה שנזקפה לעובד על פי האמור בסעיף א' ועל קופת הגמל לנהל רישום נפרד לגבי המרכיבי ההפקדות בנושא פיצויים, חלק המעביד וחלק העובד בתגמולים לפי פירוט קרן ורווחים בכל שנה.
לגבי הוון קצבה תוקנה תקרת הפטור בסעיף 9 א(ה) לפקודה כך שתהיה הנמוכה מבין הסכומים שהתקבלו מהוון 35% מהקצבה המזכה או הסכום שהתקבל מהוון סכומים שמקורם בתשלומים הפטורים בתוך הקצבה המזכה.
2. משיכה מוקדמת של סכומים שיועדו לקצבה
משיכה מוקדמת של סכומים שייעודו לקצבה בעת הפקדתם יחויבו בניכוי במקור של מס סופי בשיעור של 35%.
3. זיכוי לחייל משוחרר
יינתנו נקודות זיכוי בגין הכנסת חייל משוחרר מיגיעה אישית בכל תחום עיסוק במשך 24 החודשים הראשונים שלאחר שיחרורו כדלקמן:
א. מי ששרת מעל 24 חודשי שתי נקודות זיכוי שנתיות.
ב. מי ששרת בין 24 - 12 חודשים או פחות מזה לאחר ששוחרר מטעמי בריאות או נכות- נקודת זיכוי אחת.
הזיכוי לא יינתן למשוחררי צבא קבע.