בסוף אוקטובר 2007, נתקבל פסק דין מפי ביהמ"ש העליון בסוגיה עקרונית בקשר עם ניכוי הוצאות בגין דמי חכירה במסגרת מס הכנסה.
בע"א 10391/04, פי גלילות מסופי נפט וצינורות בע"מ נ' פשמ"ג, חתמה המערערת על הסכמים עם מינהל מקרקעי ישראל (להלן 'המינהל') לפיהם הוחכרו לה 4 מסופים לניפוק מוצרי נפט, לתקופת חכירה של 49 שנים, עם אופציה להארכה.
הסדרי התשלום כללו מרכיב של דמי חכירה ראשוניים ששולמו מראש ומרכיב של דמי חכירה שנתיים.
המערערת טענה כי המדובר בחכירה תפעולית המותרת בניכוי כהוצאה שוטפת (להבדיל מחכירה מימונית, אשר תנאיה מעניקים לחוכר זכויות הקרובות במהותן לזכויות בעלות, הינה בעלת מאפיינים הוניים ולפיכך דמי החכירה בגינה אינם מותרים בניכוי שוטף. כמו כן טענה המערערת כי אין לסווג את זכות החכירה כנכס קבוע לצורך חוק מס הכנסה (תיאומים בשל אינפלציה).
ביהמ"ש דחה את הערעור וקבע כי במקרה הנדון בפניו מדובר בחכירה מימונית ויש להתייחס אליה כאל רכישת נכס מקרקעין (הבחנה בין "חכירה מימונית" ל"חכירה תפעולית" תיערך כשמדובר בחכירה שתקופתה המצטברת עולה על 25 שנים):
חוזי החכירה של המערערת עם המינהל מעניקים לחוכרת את תקופת החכירה המקסימאלית המתאפשרת על-פי כללי המינהל לקרקע עירונית. מדובר בתקופה של 98 שנים, אשר אף לאחריה, הסיכוי כי תידרש המערערת להשיב את המקרקעין לידי המנהל הינה קלושה.
גם אם תפונה המערערת הרי שמדיניות מינהל מקרקעי ישראל הינה לפצות את החוכר על השקעותיו בקרקע, פיצוי אשר ניתן לראות בו, תמורה על העברת הקרקע בחזרה למנהל.
דמי החכירה בהסכמים נקבעו בהתאם לשווי הקרקע בעת העברת זכות החכירה, כך שלמעשה משלמת המערערת עבור שווי הקרקע בתשלומים. אמנם הסכמי החכירה קובעים עדכון שווי הקרקע כל שבע שנים, אך נראה שבפועל עדכון זה לא התבצע בעניינה של המערערת מאז שנת 1987.
לכך ניתן להוסיף את התחייבותה של המערערת בהסכמים לשאת בכל המיסים והתשלומים שיוטלו על המקרקעין, גם אם מדובר בתשלומים החלים על בעלי המקרקעין.
מנגד, בהתאם להחלטת מועצת מקרקעי ישראל מס' 269 תשלם המערערת בתקופת החכירה הנוספת דמי חכירה מופחתים של כ-1%, כאשר בידי המינהל הזכות לקבוע שיעור נמוך אף יותר. כפי שמציין המשיב, הארכת תקופת החכירה בתקופה נוספת בה דמי החכירה נמוכים משווי השוק מהווה אינדיקציה לחכירה מימונית.
בתשובה לטענות המערערת, כי בהתאם להסכמי החכירה מוטלות עליה שתי מגבלות מרכזיות: איסור לעשות דיספוזיציות במקרקעין ללא הסכמת המינהל, ואיסור להשתמש במקרקעין מעבר למטרה שנקבעה ללא הסכמת המנהל, ענה ביהמ"ש כי יש לזכור שהגבלות אלו הן הרציונאלים המרכזיים לאיסור להעביר בעלות במקרקעי ישראל: שיקולים תכנוניים של המדינה ומניעת העברת הקרקע לגורמים בלתי רצויים.
לפיכך הגבלות אלו נפוצות בהסכמי חכירה הנחתמים עם המינהל. עם זאת יש להדגיש כי הגבלות אלו אינן מוחלטות, אלא נדרש אישור המינהל לצורך סטייה מהן.
יש להניח כי המינהל, בתור גוף ציבורי, יסרב ליתן את הסכמתו רק במקרים בהם הרציונאלים העומדים בבסיס הגבלות אלו יחולו, ולפיכך מדובר במקרים חריגים בלבד.
לפיכך, קבע ביהמ"ש כי עלות רכישת הזכות ע"י המערערת ניתנת לניכוי בדרך של פחת או בהפחתת שוויה מהתמורה בעת העברת הנכס לאחר. היה על המערערת לרשום את החכירות המימוניות כנכס מיד עם תחילת החכירה ובמקביל לרשום התחייבות לזמן ארוך. בנוסף, החכירות מהוות נכסים קבועים לפי חוק התיאומים, גם אם לא הופיעו בטעות במאזן ככאלו. משכך חייבת המערערת בתשלום תוספת בשל אינפלציה בגין נכסים קבועים שמומנו ע"י הון זר.