להלן הנחיות שהוציא מר מיכאל גל, מנהל תחום חקלאות ברשות המיסים, ביום 31 בדצמבר, 2003 בעניין ניכוי מס במקור משכר חברים עובדי חוץ בקיבוץ שיתופי ובקיבוץ מתחדש:
הנחיות לקיבוץ שיתופי
"לקראת הגשות בקשות הפטור מניכוי מס במקור משכר חברי קיבוצים מסורתיים לשנת 2004 (להלן: הפטור) ולאור ניסיון שנרכש בשנים עברו,ברצוני להבהיר ולחדד את התנאים לקבלת הפטור.
בחוזר מס הכנסה 6/2003 – תכנון ומדיניות בעניין מיסוי קיבוצים מסורתיים (סעיף 1.2 לחוזר) אומצה ההלכה כי קיבוץ מסורתי הוא קיבוץ אשר בו פער בין תקציבי החברים אינו עולה על 25%. תקציב כולל כסף ושווה כסף.
לצורך חישוב הפער בתקציב כאמור לעיל ניתן להפחית את התשלומים שהחבר שילם בפועל בגין רשת ביטחון אשר חויב לשלמו על פי תקנון הקיבוץ,או החלטת אסיפה כלכלית של הקיבוץ.
כל תשלום אחר לקיבוץ או לכל גורם אחר לא יילקח בחשבון לקביעת הכנסת החבר לצורך חישוב הפער של 25%.
קיבוץ המבקש פטור מניכוי מס במקור,עליו להצהיר כי הוא עומד בתנאים כפי שבאים לידי ביטוי במכתב זה וכי כל שינוי שיחול בתקנון הקיבוץ או במעמדו של חבר ידווח לשלטונות מס הכנסה."
הנחיות לקיבוץ מתחדש
"קיבוצים שאינם עומדים בתנאים שהוזכרו לעיל, מוגדרים "חדשים". קיבוצים אלו אינם יכולים לבקש פטור מניכוי מס במקור.
על כל חבר לפנות לפקיד השומה על מנת לערוך תאום מס.
לצורך תאום מס יילקח בחשבון רק תשלום בגין רשת בטחון שהחבר חויב לשלמו על פי תקנון או החלטת אסיפה כללית."
ב 11 בינואר 2006 הוציא מר מיכאל גל את ההנחיות שלהלן בעניין ניכוי מס במקור משכר חברים עובדי חוץ בקיבוץ מתחדש (דיפרנציאלי):
"קיבוץ דיפרנציאלי אינו זכאי לפטור ממס בגין חבריו השכירים העובדים מחוץ לקיבוץ.
בקיבוץ דיפרנציאלי כל חבר יכול לפנות לפקיד השומה הקרוב ולבקש שייערך לו תאום מס כמו לכל נישום אחר.
בנוסף החבר יכול לבקש כי הסכום שהוא משלם לקיבוץ בגין רשת ביטחון יותר לו כהוצאה.
התשלום לרשת ביטחון חייב להיות מנוכה מההכנסה ברוטו של החבר ולא מההכנסה נטו".
מוצע לחברים בקיבוץ אשר אינם עומדים בהגדרת קיבוץ שיתופי ליישם את האפשרות לתאום המס אשר ע"פ ניסיוננו בנושא מקנה לחברי הקיבוץ המתחדש החזרי מס מיידיים.
להבהרות בקשר לנושא זה ניתן לפנות לרו"ח אמיר כהן או לרו"ח חן שחרור במשרדנו בת"א.