נושא מיסוי הקיבוץ המשתנה נמצא בדיונים בין נציגי הקיבוצים והמושבים השיתופיים וצוות בכיר של נציבות מס הכנסה. בדיונים הועלו גם נושאים השנויים במחלוקת המופיעים בטיוטת החוזר המקצועי "מיסוי קיבוצים מסורתיים" מיום 12.8.02 (ראו חוזרנו 57/02 "השינויים המוצעים במיסוי הקיבוצים – עדכון").

בתקופה האחרונה נערכו מספר פגישות עבודה בין הצוותים ובהם גובשו הבנות הן באשר למיסוי הקיבוץ המסורתי והן בקשר למיסוי הקיבוץ המשתנה.

נציגות הקיבוצים והמושבים השיתופיים דרשו לקבוע תקופת מעבר בה ימשיכו לחול הוראות הקיבוץ המסורתי על כל הקיבוצים והמושבים השיתופיים ומתום אותה תקופה ייושמו ההבנות בקשר למיסוי הקיבוץ/ המושב השיתופי המשתנה.

בתשובה לפנייתנו בענין המשך יישום הנחית נציבות מס הכנסה לפיהן קבע הנציב כי "לגבי מושב שיתופי יחולו ההוראות החלות על הקיבוץ" נענינו לאחרונה על ידי נציבות מס הכנסה כי

"אין שום שינוי במדיניות נציבות מס הכנסה בנושא הפעלתו של סעיף 61 לפקודה".

נציבת מס הכנסה, עו"ד טלי ירון אלדר, התייחסה להנחיות שהוציא מר מיכאל גל, מנהל תחום חקלאות, ב- 24.7.02 בענין "קיבוצים חדשים- לא שוויוניים" כדלקמן:

"נושא מיסוי הקיבוץ "החדש" נדון באגף מס הכנסה החל מאמצע שנות התשעים. במהלך חמש השנים האחרונות מוסו מספר קיבוצים שעברו תהליך שינוי משמעותי בהתאם לעמדתנו לפיה קיבוץ כאמור ימוסה כאגודה שיתופית חקלאית ולא כקיבוץ מסורתי (לקיבוץ המסורתי שיטת מס מיוחדת המניחה כי ההכנסות מתחלקות באופן שווה בין חברים). המכתב אותו הפיץ מר מיכאל גל מנהל תחום חקלאות , אשר מוזכר במכתב מזכירי התנועות, אינו מחדש דבר בנושא עמדתנו ואיננו משנה אותה. מיכאל גל שלף מידע המצוי באינטרנט לגבי האופן שבו מסווגים הקיבוצים את עצמם וכמנהל התחום מצא לנכון להעביר את המידע לפקיד שומה.

הסמכות והחובה ליישם את הוראות פקודת מס הכנסה נתונה בידי נציב מס הכנסה ופקידי השומה. עצם העובדה שמונתה ועדה ציבורית הדנה בנושא הכללי של הקיבוץ ומעמדו איננה עוצרת סמכות זו ואיננה סיבה להפסקת עבודת אגף מס הכנסה בקשר למיסוי קיבוצים. לא יתכן כי העבודה השוטפת של עריכת שומות ומתן הנחיות מקצועיות תוקפא עד לסיום דיוני העבודה".