תיקון 50 לחוק מיסוי מקרקעין אשר הוחל ב – 7.11.2001 קבע שורה של הטבות והקלות מס במסגרת תיקון החוק ובמסגרת הוראות שעה לתקופה קצובה כפי שמפורט בחוזרינו מס' 19/02, 26/02, 22/02.
ב – 30 במרץ 2005 אושר בכנסת תיקון 55 לחוק מיסוי מקרקעין אשר מאריך חלק מהוראות השעה ואף מתקן חלק מהעיוותים שנוצרו בחוק לאחר תיקון 50 לאור הניסיון שנצבר והפסיקה.
להלן עיקרי השינויים הנוגעים למגזר ההתיישבותי:
1. הארכת התקופה הקובעת
בתיקון מס' 50 לחוק מיסוי מקרקעין נקבעו מספר הקלות מס לעסקאות במקרקעין שנעשו בתקופה שבין 7.11.01 ל- 31.12.03 (להלן:"התקופה הקובעת"). תיקון 55 מאריך את התקופה הקובעת עד ליום 31 בדצמבר 2006 ובכך למעשה ממשיך את מתן ההטבות לגבי חלק מהטבות המס שנקבעו בתיקון 50 כגון, פטור בהחלפות מסוימות של מקרקעין, מכירת אופציה וכד'.
2. חילוף זכויות במקרקעין
התיקון מאריך כאמור את ההטבות שניתנו במסגרת תיקון 50 גם לחילוף זכויות במקרקעין.
כך למשל, הוארכה תקופת ההטבות שנתנו לחילופין של מבנה עסקי, קרקע חקלאית, דירת מגורים ועוד.
כמו כן, סעיף 49טז לחוק שלל פטור ממס, שיעור מס מופחת או דחיית מס, במכירת הזכות החלופית. תיקון 55 לחוק, מחריג מקרים מסוימים בהם כן יינתן הפטור: במכירה למדינה, לרשויות מקומיות, למוסדות לאומיים או למוסד ציבורי. כמו כן יינתן הפטור אם המכירה היא חלוקת מקרקעין בין בעלים משותפים, העברה מנאמן לנהנה או הפקעה וחלוקה בשל צו רשות מוסמכת.
3. ניכויים והוצאות
סעיף 39 לחוק דן בהוצאות המותרות בניכוי מהשבח בעת מכירת זכות במקרקעין.
בפס"ד שניתן בבית המשפט העליון בעניין מ.ל. השקעות התיר בית המשפט לנכות מהמשבח גם הוצאות נוספות שאינם כלולות בחוק. להרחבה בעניין פסק הדין ראו חוזרנו מס' 39/2003
בעקבות הפסיקה, התעוררו שאלות לגבי סוגי הניכויים ושאלת התרתם בניכוי. תיקון 55 קבע מספר ניכויים נוספים אשר יותרו בניכוי כגון, הוצאות שמאי מקרקעין, שכר טרחת מודד מוסמך, הוצאות בשל הליכי השגה וערעור וכל הוצאה שהוצאה לשם הוכחת הזכויות במקרקעין.
כמו כן, מתיר התיקון ניכוי של דמי חכירה מהוונים או דמי היוון ששולמו למינהל מקרקעי ישראל.
בנוסף, התיר תיקון 50 לנכות מהשבח הוצאות ריבית בגין הלוואה שנלקחה למימון הנכס או השבחת הנכס בתנאים מסוימים. לאור פס"ד מ.ל השקעות מבטל תיקון 55 חלק מההגבלות ובכלל זה את ההגבלה בקשר עם המועדים בהם הוצאה ההוצאה ומאפשר לנכות תשלומי ריבית ריאלית החל מיום הרכישה ועד 90 ימים לאחר יום המכירה.
4. שווי רכישה בחילוף מקרקעין
בתיקון מס' 50 הוסף סעיף 29ב לחוק, הקובע מהו שווי הרכישה בחילוף זכויות במקרקעין בתקופה הקובעת. תיקון 55 מבהיר כי הוראה זו תחול, בין היתר, גם לגבי קרקע חקלאית נמכרת.
5. פטור ממס באיחוד וחלוקה
סעיף 67 לחוק עוסק באיחוד וחלוקה ומעניק פטור ממס, בנסיבות הקבועות בו, למשל אם החלוקה היא בהתאם לחלקיהם של הבעלים המשותפים בזכות ולא שולמה תמורה נוספת.
התיקון מבטל את התנאי לפטור לפיו על החלוקה להיעשות בהתאם לחלקיהם של הבעלים המשותפים בזכות, שכן אם לא נעשתה כך הרי יש לראות בכך כתשלום על "סכום הפרש".
התיקון לחוק מתקן גם את הגדרת "איחוד מקרקעין" כך שיאפשר קבלת פטור ממס לפי סעיף 67 לחוק גם אם לא הושלמו כל ההליכים לפי חוק התכנון והבנייה. לפיכך, הגדרת "איחוד מקרקעין" תכלול איחוד חלקות גובלות או חלקות רצופות לשם תכנונן מחדש לרבות איחוד חלקות כאמור לפי תוכנית כמשמעותה בחוק התכנון והבניה, התשכ"ה – 1965 ועסקת קומבינציה בחלקות גובלות או בחלקות רצופות, שלפי סעיף 19(4) לחוק רואים אותן כזכות אחת במקרקעין.