מינהל מקרקעי ישראל דורש מחוכרים הנמצאים בחוזה משבצת משולש לקבל הסכמה הסוכנות היהודית לכל שינוי יעוד וגריעת שטח מהמשבצת.

הסוכנות היהודית דורשת על פי רוב דמי הסכמה בשיעור של כ-10% משווי המקרקעין (ראו חוזרנו 35/2001 "דרישות הסוכנות היהודית מהאגודות בעת שינוי ייעוד").

עמדתה של הסוכנות השנויה במחלוקת היא שיש לה זכויות והשקעות בשטחי המשבצת החקלאית.

המדינה דוחה טענה זו של הסוכנות מכל וכל ומנהלת כנגד הסוכנות מאבק משפטי (בג"צ 738/99 הסוכנות היהודית לארץ ישראל נגד מינהל מקרקעי ישראל).

בכדי לעגן את טענתה על זכויותיה בקרקע, החלה הסוכנות היהודית לדווח לאחרונה על דמי ההסכמה שהיא גובה, כתמורה ממכירת זכויותיה במקרקעי המדינה, דיווח שלא נהגה בעבר בטרם פנתה להליכים משפטיים נגד המדינה.

רשויות המס הוציאו שומות בהתאם לדיווחי הסוכנות.

מאחר והוצאת השומות על ידי שלטונות מיסוי מקרקעין מנוגדת לעמדת המדינה פנינו ליועץ המשפטי לממשלה שיבחן הנושא וישקול הוצאת הנחיות מתאימות לשלטונות מיסוי המקרקעין.

בעקבות פנייתנו נעשה בירור עם נציבות מס הכנסה והסתבר כי במספר לשכות מיסוי מקרקעין לא היתה מודעות מספקת להליך המתנהל בין המדינה לבין הסוכנות היהודית.

בימים אלה מופצת הנחיה לכל לשכות מיסוי מקרקעין ובמסגרתה הם מונחים, במקרים הרלוונטיים, שלא לראות בסוכנות היהודית כבעלת זכויות במקרקעין.

משמעותה המעשית של הנחיה זו היא ביטול שומות מס הרכישה שהוצאו לחוכרים אשר שילמו דמי הסכמה לסוכנות.