פקודת מס הכנסה קובעת כי הכנסת בני זוג יראוה לעניין הפקודה כהכנסת בן הזוג הרשום אך בתנאים מסוימים ניתן לעשות חישוב מס נפרד לגבי הכנסות שני בני זוג. התנאים שנקבעו בפקודה הם: הכנסה מיגיעה אישית כהגדרתה בפקודה, מעסק, משלח יד או עבודה ואי תלות בין הכנסות שני בני הזוג.
להכנסות בני זוג ממשק חקלאי נקבעו הנחיות מיוחדות בפקודת מס הכנסה בעניין חלוקת ההכנסה בין בני הזוג על פי סעיף 67 (א) ובעניין חישוב מס נפרד כאשר בן הזוג עובד בעיקר מחוץ למשק על פי סעיף 67 (ב).
סעיף 66 (ד) לפקודת מס הכנסה מגדיר "תלות" וקובע מספר מקרים שאם אחד מהם מתקיים אזי ניתן לומר בבירור שקיימת תלות בין הכנסת בני הזוג.
על פי סעיף 66(ד) במקרה בו הבעל ואישה עובדים בעסק משותף על פי רוב מתקיימת ההגדרה של "תלות" ולכן לא ניתן לחשב חישוב נפרד לצורך קביעת ההכנסה החייבת.
ביום 27.12.200 אושר בכנסת החוק לתיקון פקודת מס הכנסה (הוראת שעה), התשס"א – 2000 ובו נקבע כי שני בני זוג העובדים יחד בעסק משותף יהיו זכאים לחישוב מס נפרד, במקום חישוב מס משותף שקיים כיום. תחולת החוק ב-1 לינואר 2002 או במועד מאוחר יותר אם לא יותר משנתיים ממועד זה אם שר האוצר יבקש וועדת הכספים תאשר. תחולת החוק היא לשלוש שנות מס ממועד תחולתו.
כדי למנוע רישום בן זוג כעובר פיקטיבי החישוב הנפרד האמור יהיה מותנה בעמידה בדרישה למילוי תנאים שיקבע שר האוצר באישור ועדת הכספים של הכנסת ובתנאים שלהלן:
- החישוב הנפרד יותר לבני הזוג, שכל אחד מהם עובד לפחות 36 שעות בשבוע בעסק המשותף, במקומו הקבוע של העסק במשך תקופה של לפחות עשרה חודשים בשנת המס.
- לא יותר חישוב נפרד כאשר לבני זוג יש מקור הכנסה נוסף לפי סעיף 2(1) או 2(2) למעט הכנסה שקבע שר האוצר בתקנות, באישור ועדת הכספים של הכנסת.
- בקשה לחישוב נפרד תוגש לפקיד השומה חודש לפחות לפני תחילת התקופה שבעדה נתבע החישוב הנפרד. (ההדגשה שלנו)
- מקום העסוק הקבוע אינו דירת המגורים של בני הזוג פרט למקרים חריגים שיקבע שר האוצר באישור ועדת הכספים של הכנסת.
תוקפה של הדרישה לחישוב נפרד יהיה שלוש שנות מס, שתחילתן בתחילת שנת המס הראשונה שלגביה נדרש חישוב נפרד וכל עוד מתקיימים התנאים המזכים שנקבעו בחוק.
על פי לשון החוק לא ניתן להחיל את החוק החדש על משקים חקלאים.
תוצאה מוזרה זו עומדת בסתירה להבנות שהושגו בועדת הכלכלה של הכנסת במהלך הדיון על נוסח החוק.
הסיבה להיווצרות התוצאה המוזרה נובעת מכך שהתיקון לחוק בוצע בדרך של תוספת לסעיף 66 לפקודה (הוספת סעיף קטן (ה)), אולם סעיף 67 (א) החל אך ורק על הכנסה מיגיעה אישית של בני זוג במשק חקלאי אינו מאשר חישוב המס בנפרד לפי סעיף 66..
להלן שנוסח סעיף 67 (א) לפקודה:
"(א) הכנסה שהושגה מיגיעתם האישית של איש ואישה במשק חקלאי והיא טעונת מס לפי סעיף 2(2) לגבי אחד מהם, יראוה, לעניין פקודה זו, כהכנסתם של האיש והאישה בחלקים שווים, ויחולו עליה הוראות סעיף 38, אולם לא יורשה חישוב המס בנפרד לפי סעיף 66" (ההדגשה שלנו)
משמעות המגבלה הקבועה בסעיף 67 (א) היא שבני זוג במשקים חקלאיים לא יהיו זכאים לחישוב נפרד ככל בעלי עסק אחר בישראל.
יחידת המיסוי הבין מושבית פועלת לביטול אפליית בני הזוג במשק חקלאי משאר המגזרים ע"י תיקון סעיף 67(א) בדרך שהוראת סעיף 66 (ה) תחול גם על בני זוג במשק חקלאי.