הכנסת אישרה ב- 17 ביולי 2001 את חוק תאגידי מים וביוב התשס"א - 2001. כתוצאה ממחלוקות שהתגלו במהלך הדיון בחוק החליטה הממשלה לתקן את החוק במספר נושאים מייד לאחר פגרת הכנסת.
להלן הנושאים עליהן החליטה הממשלה:
- בעלות על המקרקעין- החוק יתוקן כך שיתאפשר לרשות לא להעביר את זכויות המקרקעין ששימשו את משק המים והביוב של הרשות טרם הקמת החברה אך יאפשר העברת זכויות חכירה לתקופה שלא תפחת מעשרים שנה. המקרקעין יוחזרו לרשות המקומית או יוחכרו לחברה אחרת תוך תשלום תמורה בהתאם לסעיף 21 בחוק בשינויים המתחייבים.
עד לתיקון החוק, הממשלה מנחה את שר הפנים לפעול כאמור מכוח סמכויותיו לפי הדין הקיים.
- קביעת אמות מידה לשרות- סעיף 99א לחוק יתוקן כך שאמות המידה לשרות שעל החברה לתת לצרכנייה יקבעו ע"י הרשות הציבורית למים וביוב.
- ברור תלונות- סעיף 108 לחוק יתוקן כך שרשות מקומית תהיה רשאית להגיש תלונות בשם אזרחים שבתחום שיפוטה.
- מחירי מים- מחירי המים יקבעו ע"י הרשות הציבורית למים, סעיף 102 לחוק יתוקן כך שתוקנה סמכות לשר הפנים, אם נוכח בין היתר כי הפער בתעריפים גבוה מהפער שהיה קיים ערב תחילתו של החוק, רשאי הוא בהסכמת שר האוצר ובאישור הממשלה לקבוע הוראות לעניין העברת תמיכה מתקציב המדינה לשם הפחתת מחיר השירות.
- מינוי הממונה- הסעיף יתוקן כך שהמינוי יעשה ע"פ המלצת שר הפנים באישור הממשלה.
- מועצות אזוריות- (סעיף 151 לחוק) שר החקלאות יתווסף לשר הפנים והאוצר בנושאים הקשורים לתחומי משרדו.
- מחירי מי הקולחין- החוק יתוקן בעקבות החלטת הקבינט הכלכלי חברתי מיום 18.4.01 כך שיקבע כי במקרים בהם איכות הקולחין בשער מתקן הטיפול הנה באיכות הנדרשת עפ"י הדין הקיים היום, תעריף הקולחין בשער מט"ש יהיה 0 אגורות. כמו כן, יקבע כי ברמת טיהור טובה יותר יתאפשר לרשות המקומית לגבות תעריף גבוה מ-0 אגורות, באין הסכמה בין היצרן למשתמש יקבע נציב המים את המחיר בהתאם לתקנות. במקביל יתוקן חוק הרשויות המקומיות (ביוב) התשכ"ב 1962, על מנת להימנע מסתירה בין החוקים.
- הקצאת קולחין- מי הקולחין יסופקו בעדיפות למערכת החקלאית.
- קרן שיקום- קרן השיקום תמשיך לפעול ותסייע גם לחברות שיפעלו לפי החוק.
בשולי החלטת הממשלה ראוי לציין כי מחירי מי הקולחין בשער המט"ש נבחנו בבית המשפט לענייני מים ושם קבע כבוד השופט ביין, בניגוד לדעתו של נציב המים ובניגוד להחלטת הממשלה הנ"ל,כי הרשות רשאית לגבות מחיר הגבוה מ-0 אגורות על מי הקולחין שמסופקים לחקלאים בתחומה.